Das reichhaltige Angebot an Pflanzen ist in rund 20 verschiedene Abteilungen unterteilt. Dazu zählen geografische Sektionen (Europa, Amerika, Asien), Schulabteilungen (Biolgie, Genetik, System), Nutzpflanzen (Kulturpflanzen, Gift- und Heilpflanzen) und diverse Sortimentsabteilungen wie Ahorngarten, Narzissenrabatte, Steingarten, Wassergarten, Irisgärtchen und Farngarten.

Das Alpinenhaus ist nicht nur ein architektonisches Bijou. Es beherbergt auch viele botanische Besonderheiten, weil die eingetopften Pflanzen je nach Aktualität laufend ausgewechselt werden. Je ein Haus für fleischfressende Pflanzen und Lebende Steine zählen zudem zu den Highlights des botanischen Gartens St. Gallen. Im artenreichen Magerrasen wachsen zudem über 100 einheimische Wiesenarten.

Besucherinnen und Besucher können an regelmässig stattfindenden Veranstaltungen, Ausstellungen und Führungen ihr Wissen über die Pflanzenschätze erweitern oder sich im idyllischen Garten ein schönes Plätzchen suchen und einfach nur geniessen.