Il nome "Chiesa Rossa" è riconducibile al colore della facciata anteriore, che si distingue dal resto dell'edificio.

Questa particolare tonalità si fa risalire ad un ordine del Vescovo di Como, impartito nel 1599. Una regola trasmessa anche ad altre chiese ticinesi. Nella notte di Natale del 1390 la chiesa fu testimone di uno scontro tra Guelfi e Ghibellini, divisi fra le famiglie Rusca da una parte e Busioni dall'altra, nel quale furono uccise circa cento persone. Fra loro anche il parroco che celebrava la messa. All'interno del tempio, che resta sempre luogo di culto, si possono ammirare numerose testimonianze artistiche del tempo. Gli affreschi alle pareti datano dal XIV° sec. sono quasi intatti e sono di particolare pregio. Interessantissimo il bassorilievo del Vescovo di Como, Bonifacio, fondatore della chiesa nel 1343. Il bassorilievo è del XIV° sec. ed è di particolare valore, tanto più che sul suo retro è stata scoperta una parete di protezione del periodo carolingio (del IX° sec. circa).